Misi MI Muhammadiyah Pejogol

1.  Meningkatkan kualitas pembelajaran yang kreatif inovatif menyenangkan sehingga menghasilkan prestasi dibidang akademik maupun non akademik
2. Mengembangkan kompetensi guru dan karyawan
3. Menanamkan nilai-nilai islam dan karakter akhlakul karimah.;
4. Mendorong prestasi siswa diberbagai bidang
5. Menguatkan kolaborasi dan kerjasaqma dengan berbagai pihak untuk kemajuan madrasah.
6. Menumbuhkan budaya cinta dalam kehidupan madrasah, yaitu cinta kepada Tuhan, sesama, ilmu, lingkungan, dan tanah air.